Bischofsmais liegt in der Region Donau-Wald inmitten des bayerischen Waldes in einem kleinen, von bewaldeten Hügeln umgebenen Talkessel am Fuß der Berge Geißkopf, Einödriegel, Breitenauriegel und Teufelstisch. Die Ortschaft befindet sich etwa 9 km südlich der Kreisstadt Regen.